De doorbraak in het zuiden en de uitzichtloze situatie van het Nederlandse leger in het noorden na amper 3 dagen (Nederlandse capitulatie op 15 mei) dwongen de legerleiding om de goede stellingen (zoals het Albertkanaal en de KW-linie) prijs te geven zonder of na weinig strijd, waardoor het moreel van de Belgische troepen fel werd geschaad. Toch werd nog gepoogd om op vier opeenvolgende linies (Scheldelinie, Terneuzen-Gent-Oudenaarde, Leielinie en de lijn Ieper-Roeselare) stand te houden tegen de overweldigende overmacht. Maar ondanks het protest van de de Belgische koning Leopold III moest op bevel van de Franse opperbevelhebber generaal Maurice Gamelin de Scheldelinie (Antwerpen-Brussel- kanaal van Charleroi tot de Franse grens) nog dezelfde dag verlaten worden.

Het VIIe Franse Leger, dat intussen in Nederland door één enkele Duitse pantserdivisie was teruggeslagen, trok zich samen met het Belgische leger terug en liet de vijand ongehinderd de Schelde oversteken. In de Franse pers kregen de Belgen echter de schuld van deze terugtrekking: uit egoïstisch belang ("om hun mooie huizen in Brussel te vrijwaren") zouden de Belgen het prijsgeven van deze linie van het geallieerd commando hebben afgedwongen en zo de geallieerde plannen in de war hebben gestuurd. Op de intergeallieerde conferentie van Ieper op 21 mei, werd echter erkend dat de Belgische troepen heldhaftige vertragingsmanoeuvres uitvoerden zoals o.m. de Ardeense Jagers op de Dender (18 mei), het 4e Lansiers te Zwijndrecht (19 mei) en het 3e Jagers gesteund door het 10e Artillerie op de Schelde (20 mei).

Maar alleen aan de Leie, een niet voorbereide stelling, werd zwaar slag geleverd waarbij aan Belgische zijde circa 2500 doden vielen.

Koning Leopold III (1901-1983)

Ondertussen was het voor de Belgische koning en de legerleiding duidelijk geworden dat de strijd verloren was. Het Belgische leger kon alleen nog de aftocht van het Britse Expeditiekorps via Duinkerken dekken. De munitievoorraad was praktisch volledig opgebruikt. Koning Leopold III waarschuwde de geallieerde hoofdkwartieren dat het Belgische leger zonder geallieerde logistieke steun zou moeten capituleren. Er kwam echter geen hulp meer. De politici die de krijgsverrichtingen niet van nabij volgden, hoopten op een nieuw mirakel aan de Marne.

Leopold III vreesde een definitieve Duitse overwinning en een daaruit voortvloeiend vredesverdrag ten koste van België. Hij besloot dan ook tegen het advies van zijn ministers in om zijn functie van opperbevelhebber (zie artikel 68 van de Belgische Grondwet) te laten primeren op die van politiek staatshoofd en net zoals zijn vader, koning Albert I, bij zijn soldaten te blijven en hun lot te delen. Hij capituleerde samen met zijn troepen op 28 mei 1940. Deze beslissing werd zowel door de naar Parijs gevluchte Belgische premier Hubert Pierlot, de voltallige Belgische regering samen met 170 parlementsleden in Limoges (31 mei), als door de Franse premier Paul Reynard zwaar bekritiseerd.

Deze laatste beledigde de Belgische koning en ontnam hem bij decreet zijn Groot Kruis van het Erelegioen. Ongeveer 6000 Belgische soldaten en ongeveer evenveel burgers hadden het leven gelaten door de militaire operaties. De Britten waren ondertussen ingescheept vanuit Duinkerken, maar ook vanuit Oostende, Nieuwpoort, De Panne, ... vertrok men richting de Engelse Kanaalkust. Het Franse leger staakte de strijd op 22 juni. Van de in totaal 600.000 Belgische militairen werden er 225.000 naar Duitse krijgsgevangenkampen gebracht. Na enkele maanden werden de meeste Vlamingen vrijgelaten. Slechts circa 70.000 (alle officieren die na enige tijd gegroepeerd werden te Prenzlau, beroepsonderofficieren en Waalse militairen) bleven tot het einde van de oorlog gevangen.

Ondanks aandringen van de SS van Heinrich Himmler voor een "Zilververwaltung" of burgerlijk bestuur, bleef België, samen met Noord-Frankrijk tot 7 juni 1944 onder militair bestuur: de mogelijkheid om alsnog vrede met het Verenigd Koninkrijk te kunnen sluiten en de aanwezigheid van de Belgische vorst in zijn thuisland, kunnen deze beslissing van Hitler hebben beïnvloed. De 62-jarige Pruisische generaal Freiherr Alexander von Falkenhausen werd als militair gouverneur aangewezen. Deze beschikte over een "Kommandostab" voor militaire aangelegenheden en een "Verwaltungsstab" voor het burgerlijk bestuur. Theoretisch waren alle politie- en inlichtingendiensten (Feldgendarmerie, Abwehr, alsook de SS met haar Sipo en SD) aan de militaire gouverneur onderworpen. In de praktijk stonden zij er echter los van, wat tot veelvuldige conflicten gaf.

Heinrich Himmler (1900-1945)

Dadelijk na de Achttiendaagse Veldtocht stond de sterk uitgedunde administratie (velen waren gevlucht) voor de moeilijke opdracht de dringende problemen van het land aan te pakken o.m. inzake voedsel- en energievoorziening en inzake transport- en communicatielijnen: bruggen, kanalen, spoor- en autowegen en telefoonverbindigen waren immers vernield of buiten werking. Koning Leopold III werd als krijgsgevangene overgebracht naar zijn kasteel in Laken. Desondanks poogde hij herhaalde malen zich met het bestuur van het land in te laten: zo verzette hij zich tegen de verplichte tewerkstelling in Duitsland en tegen de jodenvervolging. Telkens werd hij hiervoor door Hitler terechtgewezen.

Op 15 januari 1944 stelde de koning richtlijnen op over hoe het land aan het einde van de oorlog moest bestuurd worden voor het geval hijzelf niet bij de bevrijding aanwezig zou kunnen zijn. In dit "politieke testament" repte de koning met geen woord over het verzet en stelde hij dat politici, die sinds het uitbreken van de oorlog onverantwoorde uitspraken hebben gedaan, voortaan buiten het politieke leven moesten gehouden worden. Na de bevrijding weigerde de Belgische regering dit testament te publiceren. Daags na de landing in Normandië, op 7 juni 1944, werd koning Leopold III met zijn familie uit het kasteel van Laken weggehaald en overgebracht naar het kasteel Hirchstein aan de Elbe. Terzelfdertijd werd het militair bestuur over België door een burgerlijk bestuur vervangen o.l.v. gauleiter Grohé, bijgestaan door SS-generaal Jungclaus. Beide maatregelen moesten de annexatie van België bij Duitsland voorbereiden.

Op 7 maart 1945 werd de Belgische koninklijke familie door de SS naar het Oostenrijkse Ströbl overgebracht, waar zij begin mei door de 7e Amerikaanse divisie van generaal Patch zullen worden bevrijd. Aanvankelijk gedroegen de Duitsers zich correct. Maar de Britse weerstand, de strijd in de Sovjetunie (vanaf 22 juni 1941), de intrede van de Verenigde Staten in de oorlog (7 december 1941), het toenemend voedseltekort, het ontberen van de vrijheid maar de verplichte tewerkstelling in Duitsland vanaf 1942, deden het Belgisch verzet groeien. De voornaamste acties van het verzet bestonden uit:

Alexander von Falkenhausen (1878-1966)

De verklaring ligt bij de meer rechtse politieke instelling van Nederland: tot 1939 bleven de socialisten er uitgesloten uit de regering en uit de administratie. Druppelsgewijs kwamen gevluchte Belgische regeringsleden in Groot-Brittannië aan. De Belgische regering te Londen had het erg moeilijk internationale erkenning af te dwingen. Eens te meer zorgden de inkomsten uit Kongo voor de nodige onafhankelijkheid. Vooral de katholieke minister Albert de Vleeshauwer gaf aanvankelijk gestalte aan de wil tot het verderzetten van de strijd. Enkele andere ministers volgden zijn voorbeeld: Camille Gutt, Hubert Pierlot en Paul-Henri Spaak. Met deze vier ministers werd op 31 oktober 1940 een regering in ballingschap gevormd. Aangezien de koning als krijgsgevangene zijn functies niet meer kon uitoefenen, trok ze in december 1940 de volledige wetgevende en uitvoerende macht naar zich toe.

Later werd deze ploeg nog aangevuld met de katholieken Antoine Delfosse en August De Schrijver en met de socialist August Balthazar. Buiten medeweten van de Belgische regering in Londen, sloot de Belgische Union Minière een akkoord met de Amerikanen af voor de levering van uranium uit de Kongolese provincie Katanga. Met deze grondstoffen werden de Amerikaanse kernbommen vervaardigd. De oude generaal Victor Van Strydonck de Burckel organiseerde reeds in oktober 1940 de eerste Belgische troepen in Groot-Brittannië. Enkele Belgische piloten namen deel aan de Slag om Engeland. Later vormden ze twee eigen smaldelen: het 349ste en het 350ste. Ongeveer 600 Belgen behoorden tot het varend personeel. De Belgische handelsvloot, twee korvetten (Godetia en Buttercup genaamd) en enkele mijnenvegers toonden de Belgische vlag op zee.

Hieruit zal in februari 1946 de Belgische zeemacht herrijzen, die in 1927, na het Locarnopact, was afgeschaft. Ongeveer 1800 manschappen maakten deel uit van de gemotoriseerde groepering 'Bevrijding' (of Brigade Piron) bevolen door kolonel Jean-Baptiste Piron. Er werd ook nog een kleine commando-eenheid (die zich in Italië, Joegoslavië en Walcheren zullen onderschieden) gevormd alsook een para-eenheid, die later deel uitmaakte van de SAS-brigade (Special Air Service), terwijl circa 500 Belgen als agenten van SOE (Special Operations Executieve) en SIS (Secret Intelligence Service) gedropt werden. Ongeveer 2500 van de 10.000 Belgen bij de Belgische troepen of vloot in Groot-Brittannië sneuvelden. Tot de Belgische strijdkrachten in Groot-Brittannië behoorden ook zo'n 370 Luxemburgers.

De meesten dienden onder een valse Fransklinkende naam. Voor de Duitsers waren zij als "Volksduitsers" immers deserteurs. Na de inlijving van het Luxemburgse leger (Compagnie des Volontaires) in het Duitse leger werden in 1942 12.000 Luxemburgers verplicht dienst te nemen. Circa 340 van hen sneuvelden in Joegoslavië en aan het Oostfront.

Jean-Baptiste Piron (1896-1974)

Tussen 2 en 12 september werd België grotendeels bevrijd, vooral door Canadezen, Polen, Britten en Amerikanen. Op 4 september 1944 trok de Groepering Bevrijding samen met de Britten in een overwinningsparade door de Belgische hoofdstad. Intussen poogde Hitler het tij alsnog in zijn voordeel te doen keren door de massale inzet van zogeheten "Vergeldings-" of V-wapens (V1, V2) vanaf juli 1944.

In ons land werden deze vooral tegen de haven van Antwerpen, maar ook tegen Luik ingezet. Onder meer door de mislukking van operatie Market Garden viel de geallieerde opmars in het najaar van 1944 stil. Gebruik makende van het slechte weer, dat in december 1944 de geallieerde luchtmacht aan de grond hield, poogde Hitler in een gigantisch tegenoffensief met circa 30 divisies doorheen de Belgische Ardennen, de sleutelhaven van Antwerpen te heroveren en de geallieerden terug in zee te verdrijven. Vanuit de startlijn Monschau-Echternach slaagden de Duitsers erin de frontlijn tot op ongeveer 5 km van Dinant te trekken.

Voor de inwoners van deze regio herbegon de nachtmerrie, vooral omdat in het kielzog van de Duitse troepen ook Gestapo-eenheden waren gevolgd die zich opnieuw aan gruweldaden te buiten gingen (o.m. te Bande, ten zuidoosten van Marche-en-Famenne). Maar de Amerikaanse troepen in Sankt-Vith en vooral in en rond Bastogne (Bastenaken) o.l.v. brigadegeneraal Antony McAuliffe boden hardnekkig weerstand en weigerden zich over te geven.

Door tegenaanvallen vanuit het zuiden en het noorden, en door de mogelijkheid om opnieuw de luchtmacht in te zetten, was de Duitse saillant tegen eind januari 1945 verdwenen en België werd definitief en volledig bevrijd. De militaire rechtspraak speelde nadien een belangrijke rol bij de repressie. 242 personen werden ter dood veroordeeld en terechtgesteld wegens collaboratie. Ongeveer 10.000 Vlamingen en ongeveer evenveel Walen hadden gestreden aan het Oostfront met de nazi's, vooral in SS Standarte Westland, 27 SS PS Gren Div Langemark en 28 SS PS Gren Div Wallonie (waarvan de meeste officieren onder de Waalse gevangenen in Prenzlau waren gerekruteerd).